أمراض المناعة الذاتية هي إحدى الحالات المرضية التي تصيب الجهاز المناعي في جسم الإنسان، ويمكن وصف تلك الحالة المرضية بشكل عام أنّها مهاجمة الجسم لذاته دون وعي، حيث إنّ جهاز المناعة يعمل في الأساس على القضاء على الفيروسات والأجسام الغريبة داخل جسم الإنسان، ومن ضمن الأمور التي يقوم بها الجهاز المناعي القضاء على الخلايا السرطانية، وهي خلايا غير طبيعية تتميز بالإنقسام المتسارع والقضاء على الخلايا السليمة المجاورة. يتعرف جهاز المناعة على الخلايا غير الطبيعية كمرحلة أولى لمكافحتها، ومن ثم يقوم بمهاجمتها والقضاء عليها. وذلك ما يحدث مع الفيروسات والبكتريا التي تصيب أي جهاز من أجهزة الجسم. أما في تلك الحالة المناعية المرضية فإن الجهاز المناعي يحدث به خلل في المرحلة الأولى من عمله، وهي التعرف على الخلايا غير الطبيعية، حيث يتعامل الجهاز المناعي مع خلايا وأنسجة الجسم الصحيحة على أنها خلايا غازية، ومن ثم يعمل على القضاء عليها في حالة أقرب لحالات التدمير الذاتي، إن هذا الخلل له عوامل متعددة وقد أثبتت الدراسات الطبية أنه أكثر انتشاراً بين النساء عن الرجال، كذلك لطبيعة الجهاز المناعي لدى الأنثى دور هام في قوة هذا المرض لأن الجهاز المناعي لدى الأنثى أقوى من الرجل، بالتالي يحدث أضراراً أكبر بكثير عند السيدات.

توجد العديد من العوامل التي تؤدي إلى ظهور الأمراض المرتبطة بالمناعة الذاتية، وهي في النسبة الأكبر العوامل الوراثية، حيث توجد في أغلب الحالات تاريخ عائلي للإصابة بهذا المرض وبالتالي استعداد أكبر عند الأبناء، ويلي ذلك التلوّث الذي يلحق بالجسم نتيجة للتلوّث البيئي أو الإشعاعي أو التلوّث نتيجة تناول عقاقير طبية معينة، وفي الدرجة الثالثة التغيّرات الهرمونية الضخمة في الجسم، وهي مرتبطة بالحالات لدى الإناث بشكل أكبر، وفي الأخير قد تؤدي الحالات المرضية النفسية إلى حدوث خلل بالجهاز المناعي ينتج عنه ظهور أحد أمراض المناعة الذاتية.

تتعدد أمراض المناعة الذاتية في جسم الإنسان وتزيد عن ثمانون نوعاً مختلفاً من الأمراض كلها مرتبطة بتلك الحالة، وأغلب تلك الأمراض يكون مزمناً وفي العديد من الحالات يؤدي ذلك الخلل المناعي للوفاة. ومن أمثلة حالات أمراض المناعة الذاتية مهاجمة الجهاز المناعي للجلد مسبباً مرض الذئبة الحمراء، أو مهاجمة المفاصل مسبباً الروماتويد، وفي بعض الحالات يهاجم الجهاز المناعي الجهاز العصبي ويهاجم جدار الأعصاب مسبباً حالة مرضية تسمى التصلب المتعدد التي تؤدي إلى حدوث شلل بالجسم كله، كذلك مهاجمته للعضلات تسبب مرض الوهن العضلي، وفي بعض الحالات يهاجم صمامات القلب، أو اكثر من عضو في الوقت ذاته كمهاجمة الطحال والكبد والكلى.